Nové varianty koronaviru, které jsou nakažlivější, postupně vytlačují ty méně nakažlivé. Původní variantu, která se v ČR začala objevovat loni v březnu, nahradila postupně kolem přelomu roku varianta alfa, dříve označovaná jako britská. Od června se v Česku začíná šířit delta, která byla původně označovaná jako indická.

Odborníci už detekovali také její další podtypy. U zhruba 20 případů v ČR se čeká na definitivní potvrzení typu delta plus, za poslední týden žádný vzorek nepřibyl. Zatím ale není jasné, jestli se bude v nakažlivosti nebo průběhu onemocnění od původní delta významně lišit nebo jakým způsobem ovlivní účinnost vakcíny.

Při zpětném zkoumání vzorů s variantou delta novým algoritmem byl odhalený i další podtyp. "Subvarianta delta, kterou vědci označili AY.3, zatím v praxi nenasvědčuje žádné zásadní změně průběhu onemocnění," uvedla ředitelka SZÚ Barbora Macková. Vyskytla se u 19 z 773 vyšetřených vzorků.

K celogenomové sekvenaci se posílá zhruba deset procent pozitivních vzorků. Jsou mezi nimi zejména případy selhání vakcinace, opakované nákazy, případy lidí mladších 50 let, kteří museli být hospitalizováni, nebo jinak neobvyklé nákazy.

Reprezentativní podíl vzorků 

"Současně je třeba sekvenovat reprezentativní podíl všech pozitivních vzorků, bez ohledu na to, zda je již z diskriminačních PCR zřejmé, že se jedná o určitou variantu. Právě tento reprezentativní podíl vzorků umožňuje sledovat vývoj viru na území ČR. Celogenomová sekvenace pak trvá jeden až tři týdny v závislosti na logistice," uvedla vedoucí Národní referenční laboratoře SZÚ Helena Jiřincová.

Virus se obtížněji šíří mezi lidmi očkovanými nebo těmi, kteří už nákazu prodělali. Pokud má dostatečné množství lidí, kteří nejsou protilátkami chránění, vznikají při nákaze dalších nové mutace a z nich nové varianty. Proto odborníci navrhovali přísnějšími opatřeními virus v populaci eliminovat a nerozvolňovat při vyšších počtech případů za den. Doporučují také důsledně trasovat kontakty nakažených a sledovat jednotlivá ohniska a importy ze zahraničí.