Močkoř po podzimním rozhodnutí Akademického senátu univerzity a lednovém převzetí jmenovacího dekretu z rukou prezidenta republiky Václava Klause pokračuje ve funkci rektora OU druhé funkční období.

Poprvé jej akademikové zvolili 6. listopadu 2006 na období od března 2007 do března 2011. Nové funkční období začalo 1. března, akt slavnostní inaugurace na zahájení výkonu rektorské funkce na další čtyři roky navazuje. Ve dvacetileté historii OU je Jiří Močkoř v pořadí čtvrtým rektorem.